Valtion talousarvioesitykseen vuodelle 2016 ollaan liittämässä esitys, jonka perusteella yliopistoindeksin vaikutusta ei huomioida vuosina 2016—2019. Tämän lisäksi vuonna 2016 toteutetaan hallitusohjelman mukaisesti 50 miljoonan euron pysyvä menosäästö korkeakoulujärjestelmän ja tutkimustoiminnan kustannustehokkuuden parantamisen ja hallinnon sekä korkeakouluverkon rationalisoinnin perusteella. 

Hallitusohjelmassa todetaan, että "yliopistojen itsehallintoa kunnioittaen päätöksenteko kustannussäästön toteuttamisen edellyttämistä toimista jätetään korkeakouluille. Rahoituksen vähennystä ei kuitenkaan tule kohdistaa sellaiseen toimintaan, mikä merkitsisi opetuksen ja tutkimuksen heikentymistä, vaan erityisesti talous-, henkilöstö-, tieto- ja opetushallintoon." On kuitenkin selvää, että opetus ja tutkimus tulevat säästötoimien takia heikentymään. 

Yliopistoilta tehtävillä leikkauksilla on useita seurauksia. Useissa yliopistoissa rahoituskriisi uhkaa rampauttaa jopa niiden perustoimintoja. Esimerkiksi Helsingin yliopistossa on jo aloitettu Suomen yliopistohistorian suurimmat yt-neuvottelut, joiden seurauksena jopa 1 200 työntekijää uhkaa irtisanominen. Muualla lopetetaan ainakin määräaikaisuuksia eikä eläkkeelle jäävien tilalle palkata uusia. Tämä ei voi olla vaikuttamatta laajalti opetuksen ja tutkimuksen laatuun varsinkin kun samanaikaisesti leikataan Suomen Akatemialta ja TEKESilta.  

Yliopistoilla on luonnollisesti yhteiskunnallisia velvoitteita myös opiskelijoitaan kohtaan. Opetuksen laatu ja tarjonta kärsivät leikkauksista. Hallinnon vähentäminen vähentää samalla opiskelijan opintojen ohjauksen ja muun opintoneuvonnan määrää. Koulutuksen muutosten seuraukset näkyvät vasta pitkän ajan kuluttua, ja siksi koulutuksen kehittäminen edellyttää pitkäjänteisyyttä.