Itämeressä on rikkivedyn valtaamia, hapettomia syvänteitä, joista elämä on hävinnyt kokonaan. Huolestuttavaa on se, että näiden hapettomien aavikoiden laajuus on kasvanut nopeasti ja hapettomia alueita löytyy myös yhä lähempänä rannikkoa. Uudenmaan ELY-keskuksen vuoden 2012 raportin mukaan huomattava osa Uudenmaan saariston vesistä on elinkelvotonta kaloille ja pohjaeläimille. Happikadosta kärsiviä alueita löytyy pitkin rannikkoa mm. Hangon, Tammisaaren, Sipoon ja Porvoon edustoilta. Kesällä 2018 valtavia sinileväesiintymiä oli pitkin Uudenmaan rannikkoa.  

Jokaisella alueella on omat haasteensa. Siksi on tärkeää, että myös Uudellamaalla on hanke, jossa haetaan täsmätoimia maatalouden valumien vähentämiseksi yhteistyössä maataloustuottajien kanssa. Uudenmaan Ravinteet hallintaan -hanke (Raha) toimi vuosina 2009—2014. Hankkeessa on mm. selvitetty alus- ja kerääjäkasvien käyttöä ravinteiden sitojina ja maan kuohkeuttajana. Hankkeessa saatuja kokemuksia nykyisen ympäristötukijärjestelmän toimenpiteiden tehostamiseksi on hyödynnettävä sekä uusia vesiensuojelukeinoja, kuten ravinnekierrätystä, on otettava käyttöön laajemmin. Hyviä kokemuksia on saatu muun muassa peltojen kipsauksesta, jossa kipsi sitoo pellon fosforia pienentäen vesistöön valuvien ravinteiden määrää. Uudellamaalla on joitakin tiloja Vantaanjoen valuma-alueella kipsin levityshankkeiden piirissä. Mutta tarpeita on paljon laajemminkin, jotta kipsin levitys ja monet muut toimet tulevat yhä useamman viljelijän ulottuville. Maaperän kuntoa ja hiilivarantoja parantavat uudet kierrätyslannoitteet, esimerkiksi metsäteollisuuden sivuvirroista jalostettuina, ovat niin ikään tärkeä keino vähentää keinolannoituksen käyttöä. Luomutuotannon edistäminen on myös varteenotettava vesiensuojelutoimi. Neuvontaa parhaista käytänteistä tulee olla laajasti Uudenmaan viljelijöiden käytettävissä.