Hallituksen vuoden 2016 talousarviossa esitetyllä momentin 30.20.61 budjettisiirrolla Maatilatalouden kehittämisrahastoon on tarkoitus rahoittaa hallitusohjelman  Biotalous ja puhtaat ratkaisut -strategiseen tavoitteeseen sisältyvän kärkihankkeen 4 (Suomalainen ruoantuotanto kannattavaksi, kauppatase ja sininen biotalous nousuun) toimenpiteitä. Määrärahaa käytetään maatalouden kokonaan kansallisesti rahoitettavien investointiavustusten rahoittamiseen. Tämän lisäksi rahoitusta on mahdollista käyttää myös muihin hallitusohjelmaan sisältyvää ruoantuotannon kannattavuuden turvaamista koskevaa tavoitetta edistäviin toimenpiteisiin. 

SDP esittää, että Maatilatalouden kehittämisrahastoon siirretään puolet hallituksen ehdottomasta 14 miljoonasta eli 7 miljoonaa euroa. Tätä perustellaan sillä, että jokainen hallinnonala joutuisi kantamaan yhtä suuren vastuun säästöistä. Hallituksen esityksessä maa- ja metsätalousministeriöön kohdistuu hieman pienempi säästö kuin muille hallinnonaloille. Lisäksi SDP ehdottaa, että Maatilatalouden kehittämisrahaston toimintaa tulee uudistaa viime hallituskaudella tehdyn selvityksen pohjalta erilaisia vaihtoehtoja punniten. Eduskunnan budjettivallan ja avoimuuden kannalta olisi selkeämpää, että rahaston varat suunnattaisiin päätettyihin kohteisiin valtion talousarvion kautta. SDP:n näkemys on, että varat on suunnattava kohteisiin, jotka edistävät energiatehokkuutta sekä uusiutuvan energian pientuotantoa tiloilla.